Localitatea Peregu Mare aparţine bazinului hidrografic al râului Mureş. Acesta îşi pune amprenta atât pe evoluţia reţelei hidrografice de suprafaţă cât şi a celei subterane.

Apa subterană
Apele freatice sunt cantonate în depozite cuaternare alcătuite din nisipuri cu granulometrie diferită, pietrişuri cu intercalaţii de argile, prafuri argiloase sau argilo-prăfoase. În partea superioară a acestor depozite permeabile se dezvoltă formaţiuni cu o permeabilitate mai redusă care fac ca în anumite zone nivelele hidrostatice să prezinte caractere ascensionale. În acelaşi timp, formaţiunile cu granulometrie fină şi apariţia unor orizonturi genetice de soluri impermeabile, bine dezvoltate, fac ca deasupra acestora (0,4-0,6 metri) să se acumuleze strate acvifere sezoniere(suprafreatice) influenţate de condiţiile climatice, motiv pentru care prezintă oscilaţii sezoniere accentuate. Aceste strate sunt discontinue şi se află în interdependenţă cu stratele freatice propriu-zise.

Nivelurile apelor freatice în câmpia joasă se întâlnesc între 0,0 şi 3,0 metri, excepţie fac areale reduse de 3,0-5,0 metri care sunt situate în zonele grindate. Niveluri de 0,0-2,0 metri se întâlnesc în zonele depresionare şi pe fostele albii părăsite. În zonele înalte, apele freatice se drenează mai repede (din cauza materialului mai grosier al stratului acvifer) decât în zonele plane şi depresionare. Alimentarea pânzelor acvifere se face în cea mai mare parte din precipitaţii şi mai puţin din Mureş. Condiţiile cele mai favorabile de alimentare sunt în zona în care predomină materialele ceva mai grosiere.

Maximele de nivele se produc, de regulă, în lunile februarie şi martie. În continuare nivelul scade treptat până în lunile octombrie-noiembrie când se înregistrează valorile minime.
Nivelul hidrostatic, având adâncime relativ mică este supus şi influenţei climatice în sensul că primăvara când se produc infiltraţii acesta se ridică uşor, iar vara, când evapotranspiraţia creşte, nivelul scade. Oscilaţiile nivelului freatic prezintă amplitudini de 1,0-1,5 metri în apropierea Mureşului, în depozitele grosiere, ele pot atinge până la 2,0-2,5 metri, iar în zonele de interfluvii, acestea sunt situate între 0,5-2,5 metri. Datorită amplitudinii mari, în depresiuni nivelele freatice se întâlnesc uneori la suprafaţă sau aproape de suprafaţă din care cauză se semnalează fenomene de băltiri. Oscilaţii ale nivelurilor freatice se întâlnesc şi de la un an la altul , funcţie de regimul precipitaţiilor. Trebuie subliniat că tendinţa în ultima vreme este ca aceste niveluri să scadă.

Regimul apelor freatice este puternic influenţat de îndiguiri şi desecări. Reţeaua canalelor de drenaj de adâncime construită în toată câmpia a determinat înlăturarea parţială a pânzelor de ape suprafreatice şi a contribuit la coborârea nivelului freatic.
Chimismul apelor freatice. Orizonturile acvifere cantonate în depozite grosiere în care şi circulaţia apei este mai mare, mineralizarea şi duritatea prezintă valori reduse. Calitate mai slabă au apele din zonele joase, unde drenajul este lent şi unde depozitele fine din acoperişul acvifer îngreunează regenerarea apelor subterane prin infiltraţii verticale. Chimismul variază de la un foraj la altul pe distanţe relativ reduse. Reziduul fix al apelor freatice poate varia între 0,4 şi 1,5 gr/ litrul de apă, deci întâlnim toată gama de ape, de la dulce la sălcie.

Apele de adâncime din zona Câmpiei Semlacului sunt cuprinse în marea unitate a Bazinului Artezian Vestic. Puternica fragmentare a soclului condiţionează un circuit propriu care face ca la suprafaţă să apară ape termale. În forajele efectuate în Câmpia Mureşului până la adâncimi de 424 metri, în depozite cuaternare, au fost distinse 12 orizonturi acvifere ascensionale.

Apele de suprafață
Râul Mureş constituie principala arteră hidrografică situată la 10-15 km sud de teritoriul comunei Peregu Mare. Evoluţia sa reprezintă cea mai importantă şi mai complexă evoluţie de vale din Câmpia Banatului. Mureşul este cel mai mare afluent al Tisei, ca debit, iar în câmpie a divagat pe cele mai mari suprafeţe şi a format cele mai extinse conuri de dejecţie din Câmpia Tisei. Cantitatea de aluviuni este, în prezent ceva mai mică decât la Someş vastitatea conului său explicându-se prin aceea că ele se împrăştie pe un fundament mai ridicat, deşi mai faliat, şi unde subsidenţa a fost mai atenuată. De asemenea, marea extensiune a conurilor Mureşului a fost determinata de distanţa mare dintre cele trei arii de subsidenţă care au atras periodic râul sau braţe ale sale (Sarret- confluenţa Crişurilor Szeged-confluenţa Mureş-Tisa şi Timişoara-Timişul Inferior).

Din cauza influenţei aproape concomitente asupra sa a acestor areale subsidente şi a lipsei unor râuri vecine de proporţia sa , fenomenul de difluenţă sau despletire a fost aproape o permanenţă a Mureşului din câmpie în toată evoluţia sa cuaternară, dar acestea nu excludeau un curs principal. Acest curs avea stabilitate pe termen mai scurt sau mai lung şi pe sectoare şi era impus de jocul faliilor şi a blocurilor din fundament de atracţia mai activă a unuia dintre cele trei centre subsidente de la extremităţi şi de mersul şi tasarea colmatărilor.
Reţeaua hidrografică a comunei Peregu Mare este formată din canale de irigaţii şi desecare, după 1990 au fost abandomate.